Hovedbestyrelsen er Rød-Grøn Ungdoms højeste myndighed mellem landsmøderne. Hovedbestyrelsen har ansvar for, at de af landsmødet trufne beslutninger føres ud i livet i samarbejde med resten af organisationen. Hovedbestyrelsen består af det af landsmødet valgte forretningsudvalg, herunder den daglige ledelse, samt repræsentanter fra lokalafdelingerne. Hver lokalafdeling har ret til mindst én repræsentant i hovedbestyrelsen. Hovedbestyrelsen mødes mindst seks gange om året